Il convento è organizzato intorno a due chiostri, posizionati su diversi livelli, che seguono la conformazione scoscesa del terreno.
Il chiostro superiore sormonta una cisterna, è privo di camminamento coperto e si fregia di un ingresso ad arco sormontato da un mattone con incisa una croce su tre monti e la data 1691. Il chiostro inferiore è disposto intorno ad un bellissimo pozzo in arenaria di forma ottagonale.
Nel tempo è stato ridotto e le cinque arcate che ne caratterizzavano il lato lungo sono state tamponate. Dal chiostro si accede alla neviera sotterranea, uno dei locali più suggestivi di tutto il complesso.